一、技术名称

RNA pulldown技术

二、应用领域

生物医药研究：研究RNA与蛋白质相互作用，解析非编码RNA（如lncRNA、circRNA、miRNA）的功能机制。

肿瘤机制探索：用于筛选肿瘤相关RNA的结合蛋白，如胃癌、乳腺癌中的调控蛋白。

基因表达调控：分析RNA在转录后水平对基因剪接、翻译及稳定性的调控作用。

病毒复制研究：探索病毒RNA与宿主蛋白的相互作用。

三、技术简介

RNA pulldown技术是一种基于生物素-链霉亲和素高亲和力结合的体外研究RNA-蛋白互作的关键技术。其核心原理是通过体外转录或化学合成制备生物素标记的RNA探针，与细胞裂解液孵育形成RNA-蛋白复合物，利用链霉亲和素磁珠捕获复合物，最终通过Western Blot或质谱（LC-MS/MS）鉴定结合蛋白。本技术通过引入FII标签（一段16nt短RNA序列），在不影响RNA结构的前提下显著提升探针与蛋白的亲和力，降低假阳性率；同时支持线性RNA与环状RNA的高效捕获，适用于低丰度RNA的功能研究。

四、技术优势

高特异性：通过磁珠预封闭（BSA和随机寡核苷酸）及FII标签设计，减少非特异性结合，假阳性率较传统方法降低30%。

操作便捷：磁珠法替代传统离心步骤，简化流程，实验周期缩短至8周内。

广泛适用性：兼容多种RNA类型（miRNA、circRNA、lncRNA）及样本（细胞、组织、原生质体），最低样本量仅需4×10^7个细胞。

高灵敏度：结合质谱技术可鉴定低丰度蛋白，支持构建RNA相互作用蛋白谱。

五、相关图片

SDS-PAGE电泳图：展示不同RNA探针（如线性RNA、circRNA）捕获的蛋白条带，验证富集效果。

六、典型案例

案例：某circRNA调控肿瘤转移机制

应用场景：乳腺癌中某circRNA与A蛋白的相互作用研究。

技术方案：采用生物素标记的tRF片段进行RNA pulldown，结合质谱鉴定出A为关键结合蛋白。

七、联系人信息

联系人：王老师

电话：64438803

邮箱：wangdifei@sibpt.cn