感染与免疫研究所成立于2021年12月，致力于开展生物医学大数据驱动的重大疾病机制解析与转化应用，神经精神类疾病的营养干预，病原微生物检测以及合成生物学使能技术开发等应用基础研究。基于多组学(含单细胞/空间)、微生物组等技术，解析胃癌细胞特异性代谢重塑和相互作用、胃癌耐药相关表观遗传、转录调控机制，并指导潜在干预靶点发现，识别自身免疫病共病关联演化规律及其机制，揭示脓毒症患者继发性院内感染来自于肠道菌群易位。在技术创新方面，发现了用于弧菌分型的新基因mlA，开发了融合规则与学习的恶性细胞识别方法scMalignanFinder等数据整合挖掘工具，构建了人类脂代谢相关蛋白和脂质数据库等资源平台。

研究所现有研究员5人，复旦大学研究生导师4名，1名博后获“上海市超级博士后“激励计划。研究所成立以来，承担了国家重点研发计划、国家自然科学基金面上项目等多项课題，在Nature Communications,EBioMedicine、Advanced Science、Critical Care等期刊发表SCl论文50余篇，获授权发明专利16项。